《女神异闻录》系列长期以来一向存在着与同性恋和跨性别惊惧有关的问题，而据IGN报导，《女神异闻录3Reload》的特定场景中消除了原版游戏对跨性别的轻视。
在原作《女神异闻录3》中某个场景，小组成员在海滩上企图搭讪女人，真田明彦、伊织顺平以及主角走向一个被称为“美丽女士”（Beautiful Lady）的人物。在一些来回对话之后，真田明彦指出了她下巴上有一点胡须，美丽女士回应道：“我，我漏掉了？！”顺平随后惊叫道：“她是个男的？！”
在《女神异闻录3 Portable》中，对话略有改动（人物名改为“美丽女士”(Pretty Lady)而不是“美丽女士”），但依然包含了相同的跨性别惊惧。
不过，通过IGN证明，《女神异闻录3Reload》中该场景改变了对话内容，终究结果是相同的——主角团成员逃离了那个女人——但不再是因为她是跨性别者，而是因为她实际上企图向他们出售防晒霜。
在新的场景中，对话在“美丽女士”告知他们“你们知道天空中的太阳是假的，对吧？那是一个在上世纪80年代被送入太空的人工太阳。”之后就开端走向了过错的方向。她的人物名随后改为“梦想女士”，她告知他们“一般的防晒霜对立那个假太阳无效”，并企图以30万日元的价格向他们出售“特别”的防晒霜。团队意识到这一个人物有些古怪，所以仓促脱离。这个场景依然有些古怪，但至少在这个新版本中，对跨性别的轻视现已消失了。
这不是Atlus第一次对《女神异闻录》系列中的同性恋或跨性别内容做更改。2020年，Atlus在欧美发行的《女神异闻录5皇家版》中改变了一些被粉丝以为具有得罪性和恐同性质的场景。
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